Например, один крупный монофизитский богослов VI века Иоанн Филопон, убежденный последователь Аристотеля, с его учением о реальном существовании одного лишь конкретного бытия, пришел к выводу, что три лица Святой Троицы реально существуют как три самостоятельных Бога, то есть к троебожию. Этот Филопон, оставаясь монофизитом, провозгласил новое совершенно еретическое тринитарное учение, причем в той области, в области тринитарного богословия, где, казалось, уже все было твердо установлено еще в IV веке. Среди этих многочисленных богословских направлений сложилось одно, которому принадлежало — в русле монофизитства — будущее. Оно связано с именем богослова, имя которого я уже называл, — Севира Антиохийского. Этот антиохийский патриарх, в 517 году после нескольких лет патриаршества, был изгнан с кафедры (к власти пришел тогда православный император Юстин I). Но после этого Севир еще 20 лет продолжал деятельность в Антиохии, сплачивая свою партию и ведя очень напряженную литературную работу.
Современных исследователей сочинений Севира Антиохийского поражает, что этот глава Антиохийской Церкви вовсе не может быть назван монофизитом в прямом смысле слова. Это богослов весьма умеренный, можно сказать, что от православия его отделяет прежде всего решительное нежелание принять Халкидонский Собор. Отказываясь признать его, Севир ссылается на богословие св. Кирилла, хотя, как уже объяснялось, он, подобно другим монофизитам, воспринимает это богословие односторонне: поскольку св. Кирилл держится формулы «единая природа», то и Севир Антиохийский никак не хочет отказываться от этой формулы, но это не значит, что он отрицает человечество во Христе. Он даже соглашается на формулу «из двух природ». Как мы помним, формула Халкидонского Собора гласит «в двух природах». Вот это выражение «в двух природах» — неприемлемо для монофизитов, но такие умеренные монофизиты, как Севир не отказываются от формулы «из двух природ». Говорить о двух природах можно, по их мнению, лишь теоретически, логически, реально же две природы соединены в единую природу. Надо сказать, что тут есть некоторое различие в греческой терминологии. Единая природа («миофизис»), о которой учил св. Кирилл — это не то же, что единственная («монифизис»). Единое и единственное — разные вещи. Иначе говоря, термин «монофизит» в применении к таким деятелям, как Севир Антиохийский, неточен, мы им пользуемся по традиции. Севиру удалось сыграть важную роль для всего последующего богословия монофизитов. Но одержать реальную победу среди других его направлений эта линия смогла только благодаря деятельности другого монофизитского иерарха по имени Иаков Барадей, он жил во второй половине VI века.
Иаков Барадей (что значит «оборванец») был умелым организатором: под прозвищем «нищего» он обошел обширные территории, и за время своей деятельности рукоположил двух патриархов, двадцать семь епископов и, как говорят монофизитские предания, сто тысяч священников (здесь мы склонны видеть обычное на Востоке сказочное преувеличение). Ему удалось создать в монофизитской Церкви крепкую организацию и преодолеть многие из тех разделений и расколов, которые существовали внутри этого течения. Он являлся бесспорным лидером одной из существующих доныне монофизитских Церквей, которая даже официально называется Иаковитской. Благодаря деятельности этого Иакова, монофизитство преодолело кризис, которое оно испытало в первой половине VI века, разделившись на множество противоборствующих сект.
Этот кризис был для монофизитства тем более опасным, что оно не могло в Римской империи чувствовать себя спокойно — особенно после того, как к власти в Константинополе пришел Юстин I (517 г. ). Несмотря на всю свою простоту и малограмотность (как сообщают источники, он, чтобы подписаться, пользовался трафаретом), это был вполне православный император, который к тому же имел замечательного помощника. Еще ранее, когда Юстин сделал в Константинополе успешную военную карьеру, которая, в конце концов, и возвела его на императорский престол, он привез в столицу своего племянника Юстиниана.